Das Institut für Ur- und Frühgeschichte und Archäologie des Mittelalters ist im Jahr 1994 durch die Zusammenführung zweier Institute entstanden, die ihren Ursprung in den Strukturveränderungen der Universität Tübingen nach dem Zweiten Weltkrieg hatten: das Institut für Urgeschichte (Geowissenschaftliche Fakultät) und das Institut für Vor- und Frühgeschichte (Fakultät für Kulturwissenschaften).

Mit der Zusammenführung wurden auch nach außen Tradition und Spannweite der ur- und frühgeschichtlichen Forschung in Tübingen verdeutlicht. In der Abteilungsgliederung wurden dabei die bisherigen Schwerpunkte von Lehre und Forschung beibehalten.